4691 ve 5746 Uygulamalarını Karıştırmadan Değerlendirmek: Temel Ayrımlar

TEKNOPARK / AR-GE VE TASARIM / ED@ARGE

4691 ve 5746 Uygulamalarını Karıştırmadan Değerlendirmek: Temel Ayrımlar

E-DENET Mali Müşavirlik | Mevzuat değerlendirme tarihi: 19 Ekim 2026

4691 ile 5746, birbirinin yerine yazılabilecek iki teşvik kodu değildir. Biri belirli faaliyetlerden doğan kazancı, diğeri uygun araştırma ve geliştirme harcamasını esas alır. Doğru uygulama; şirketin adresinden önce projenin kapsamını, gelirini, giderini ve personelini birlikte okumayı gerektirir.

1. İlk ayrım: Kazanç istisnası mı, harcama indirimi mi?

Bir yazılım şirketinin “Ar-Ge yapıyoruz, dolayısıyla vergiden istisnayız” demesi yeterli değildir. 4691 sayılı Kanun bakımından teknoloji geliştirme bölgesindeki uygun yazılım, tasarım ve Ar-Ge faaliyetlerinden elde edilen kazanç; 5746 sayılı Kanun bakımından ise kanunun kapsamına giren faaliyetler için yapılan uygun harcamalar incelenir. Şirketin bütün cirosu veya bütün personeli kendiliğinden kapsama girmez. [1, 2]

Bu yazıda, Türkiye’de kurumlar vergisi mükellefi olan bir şirketin kendi faaliyetleri karşılaştırılmaktadır. Üniversite, araştırma altyapısı veya teknopark yönetici şirketinin özel hükümleri ayrı konudur. Anlatılanlar, bir işletmenin yalnızca tercih bildirerek her iki rejime de girebileceği anlamına gelmez; ilgili kabul, destek ve faaliyet şartları önce sağlanmalıdır.

Tablonun dayanakları 4691 geçici madde 2 ile 5746 madde 3 ve 4’tür. Kazanç istisnasında gelir ve maliyet ilişkisi, harcama indiriminde ise uygun giderin niteliği belirleyicidir. Bu nedenle iki yöntem yalnızca oranlarına bakılarak karşılaştırılamaz. [1, 2]

2. Aynı şirket, farklı projeler: Yasak olan nedir?

“Şirketimiz teknoparkta; artık hiçbir projemizde 5746 kullanamayız” şeklindeki genelleme de “iki kanun var; aynı projede ikisini birden toplarız” yaklaşımı da hatalı sonuçlara götürebilir. Projenin statüsü ve yararlanılan düzenleme ayrı ayrı incelenmelidir. Ayrı ve şartları bağımsız olarak sağlanan projelerde farklı uygulamalar gündeme gelebilir; bu imkân, aynı projenin maliyet ve kazancı üzerinde mükerrer avantaj yaratma izni değildir. [2, 3, 4]

GİB’in konuya ilişkin özelgeleri proje bazındaki ayrımın önemini göstermektedir. Ancak özelge, muhatabının somut durumuna verilen idari görüştür; başka bir işletmeye doğrudan uygulanacak genel izin belgesi değildir. Eski özelgelerdeki personel sayıları, süreler veya eski kanun atıfları da ayrıca güncellenmeden kullanılmamalıdır.

E-DENET’in önerisi, her proje için kısa bir “yararlanma kartı” oluşturmaktır: Proje kodu, kabul tarihi, faaliyet türü, seçilen uygulamanın dayanağı, ilgili personel, destek tutarı ve muhasebe hesapları aynı kartta yer alsın. Böylece karar, yıl sonunda toplu olarak değil, işlem gerçekleşirken izlenebilir.

3. Sayısal örnek: Aynı tutar iki ayrı hesaba yazılmasın

Aşağıdaki örnekte iki projenin de hukuken uygun olduğu; birbirinden ayrı yürütüldüğü; giderlerin doğru dağıtıldığı ve destek, kanunen kabul edilmeyen gider veya başka düzeltme bulunmadığı varsayılmıştır. Rakamlar yalnızca iki hesabın farklılığını göstermektedir.

Proje A’nın 4.200.000 TL maliyetini, istisna kazancı hesapladıktan sonra bir kez daha Proje B’nin Ar-Ge indirimi hesabına eklemek doğru değildir. Buna karşılık 5746 kapsamında uygun bir harcamanın muhasebede gider veya aktifleştirilen maliyet olarak izlenmesi ile beyannamede Ar-Ge indirimine konu olması, kanunun kendi yapısı içinde ayrı değerlendirmelerdir. Muhasebe gideri, aktifleştirme ve Ar-Ge indirimi aynı kavram değildir. [1, 2]

Örneğin 1.000.000 TL tutarındaki uygun Ar-Ge harcamasının indirim hesabına alınması, aynı tutarın mutlaka o yılın gelir tablosuna gider yazılacağı anlamına gelmez. Aktifleştirme, itfa ve sonuçlanmayan projeler kendi mevzuatıyla incelenmelidir. Ayrıca kamu veya uluslararası kuruluşlardan sağlanan ve 5746 kapsamındaki özel fon hükümlerine giren destekler için kanunun gelir ve indirim hesabına ilişkin sınırlamaları uygulanır; brüt bütçeyi doğrudan indirim tutarı kabul etmek sakıncalıdır. [2]

4. Personel teşviklerinde oranların anlamı farklıdır

4691’de uygun görev ve süreye ait, ücret sınırı ve asgari ücret istisnası dikkate alınarak belirlenen gelir vergisinin tamamı terkin kapsamında değerlendirilir. 5746’da ise teşvik oranı personelin eğitim durumuna göre değişir. 5746’da doktora derecesi olanlar ile kanundaki desteklenecek program alanlarında en az yüksek lisans derecesi bulunanlar için ?; yüksek lisans derecesi olanlar ile bu programlarda lisans derecesi bulunanlar için ?; diğerleri için ? oranı söz konusudur. Bu oranlar doğrudan brüt ücretle çarpılacak “maaş desteği oranı” değildir. [2, 11]

Her iki rejimde de önce uygun görev ve çalışma süresi, sonra ücret matrahı ve vergi hesabı belirlenir. Asgari ücrete ilişkin gelir vergisi istisnası ile teşvikin ilişkisi gözetilir. 1 Ağustos 2025’ten itibaren uygulanan aylık brüt asgari ücretin 40 katı sınırı da ilgili ücret teşviklerinde dikkate alınır. Bu sınır SGK prime esas kazanç tavanıyla veya çalışana yapılacak net ödemeyle karıştırılmamalıdır. [5, 6, 11]

Destek personeli için ayrıca kapsam ve sayı/oran koşulları vardır. İdari görev unvanı tek başına yeterli değildir. Personelin fiilî işini, ilgili proje süresini, izinlerini ve birden fazla projedeki dağılımını açıklamayan bir bordro listesi teşvik dosyasını tamamlamaz.

5. 2026’da dışarıda çalışma oranı, vergi terkin oranı değildir

10766 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı uyarınca, 2026 sonuna kadar ilgili şartlarla Bakanlıkça mahiyeti belirlenecek bilişim personelinde 0, diğer personelde u bölge/merkez dışında çalışma oranı uygulanmaktadır. Düzenleme, gelir vergisi stopaj teşvikinde dikkate alınabilecek dışarıda çalışma süresi/personel oranıyla ilgilidir. [7]

Dolayısıyla “personel 0 uzaktan çalışabiliyor” cümlesinden “bu kişinin bütün görevleri Ar-Ge sayılır” veya “şirketin bölge dışındaki bütün gelirleri kurumlar vergisinden istisnadır” sonucu çıkarılamaz. Uygun çalışma, görevlendirme, bildirim ve puantaj kontrolü devam eder. 2027 için de yeni düzenleme görülmeden aynı oranların otomatik uzadığı varsayılmamalıdır.

6. Önemli istisna: SGK desteğinin dayanağı 5746 olabilir

Burada uygulamada sık karıştırılan bir ayrım vardır: 4691 kapsamındaki uygun personel için 5746 madde 3’e dayanan sigorta primi işveren hissesi desteğinden yararlanılması, tek başına yasak mükerrer yararlanma değildir. SGK’nın güncel açıklaması, destek kapsamına 4691’deki ilgili personeli de almaktadır. Uygun sigorta primi işveren hissesinin yarısına ilişkin destek, şartlarıyla birlikte değerlendirilir. [8]

Bu nedenle “5746” ibaresi görülen her SGK kaydını iptal etmek doğru olmaz. Vergi indirimi, ücret stopaj teşviki ve sigorta primi desteği farklı yükümlülüklerdir. Aynı bordroda yer almaları, kanuni dayanakları ayrı okunmadan mükerrerlik sonucuna götürmemelidir. SGK bakımından bildirim, ödeme, borç ve fiilî çalışma şartları ayrıca kontrol edilmelidir. [8]

7. KDV ile kurumlar vergisi iki ayrı kontrol ister

Teknopark kazanç istisnasına uygun bir gelir, sırf bu nedenle KDV’siz faturalanamaz. KDV Kanunu’nun geçici 20/1 maddesi ve Tebliğ’deki ürün/hizmet kapsamı ayrıca incelenir. Donanım, danışmanlık, bakım, destek ve güncelleme gibi kalemler tek paket bedel içinde yer alıyorsa işlemin gerçek niteliği ayrıştırılmalıdır. 5746 kapsamında Ar-Ge indirimi kullanılması da bütün satışları KDV’den istisna yapmaz. [9]

Diğer taraftan, GİB’in 2026 asgari kurumlar vergisi rehberinde 4691 kapsamındaki kazanç istisnası ile 5746’daki Ar-Ge ve tasarım indirimi, şartları çerçevesinde asgari vergi matrahından düşülebilecek unsurlar arasında sayılmıştır. Bu, şirketin bütün kazançlarının asgari vergiden muaf olduğu anlamına gelmez; diğer faaliyet ve düzeltmeler için hesap devam eder. [10]

8. Uygulamadan önce hazırlanacak kontrol dosyası

Aşağıdaki tablo resmî başvuru evrakının yerine geçen zorunlu bir liste değil, E-DENET’in iç kontrol önerisidir.

Proje dosyası hazırlanırken, işletme için doğabilecek girişim sermayesi yatırımı/fon ayırma, tasdik, bildirim ve raporlama yükümlülükleri de ilgili yılın şartlarıyla ayrıca sorgulanmalıdır. Bu yazı bu yükümlülüklerin parasal eşiklerini karşılaştıran bir uygunluk raporu değildir.

E-DENET değerlendirmesi

Sağlıklı teşvik yönetiminde soru “hangi kanun daha avantajlı?” ile başlamamalıdır. Önce “hangi faaliyet, hangi gider ve hangi personel hangi düzenlemenin şartlarını sağlıyor?” sorusu cevaplanmalıdır. Vergisel sonucu bundan sonra hesaplamak gerekir.

Önerimiz, proje kabulü ile muhasebe ve bordro düzenini aynı anda kurmaktır. İstisna kazanç hesabı, Ar-Ge indirimi hesabı ve personel teşvik hesabı üç ayrı çalışma olsun; ortak verileri birbirini doğrulasın. Bu yaklaşım hem kaçırılan imkânları hem de mükerrer yararlanma riskini görünür kılar.

Kaynaklar

1. 4691 sayılı Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanunu, özellikle geçici madde 2; güncel metin. Resmî kaynağı aç.
2. 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun, özellikle madde 3 ve 4; güncel metin. Resmî kaynağı aç.
3. GİB, 4691 ve 5746 uygulamalarının proje bazında değerlendirilmesine ilişkin 62030549-125[10-2013/426]-493 sayılı özelge. Resmî kaynağı aç.
4. GİB, 5746 kapsamında yararlanılan proje için 4691 hükümlerinden ayrıca yararlanılmasına ilişkin özelge; somut olayla sınırlı idari görüş. Resmî kaynağı aç.
5. 331 Seri No.lu Gelir Vergisi Genel Tebliği; Resmî Gazete 4 Eylül 2025, sayı 33007. GİB açıklayıcı bilgi notu. Resmî kaynağı aç.
6. 5746 Genel Tebliği, Seri No: 10; Resmî Gazete 4 Eylül 2025, sayı 33007. Ücret teşvikindeki 40 kat sınırına ilişkin GİB açıklayıcı bilgi notu. Resmî kaynağı aç.
7. 10766 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı; Resmî Gazete 25 Aralık 2025, sayı 33118. 2026 yılında bölge/merkez dışında çalışma oranları. Resmî kaynağı aç.
8. SGK, Güncel Sigorta Primi Teşvik, Destek ve İndirimleri; Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerine İlişkin Sigorta Primi Teşviki bölümü. Resmî kaynağı aç.
9. KDV Genel Uygulama Tebliği, II/G-2: Teknoloji Geliştirme Bölgesinde ve İhtisas Teknoloji Geliştirme Bölgesinde Verilen Teslim ve Hizmetler. Resmî kaynağı aç.
10. GİB, Yurt İçi Asgari Kurumlar Vergisi Rehberi, Nisan 2026, bölüm 3.1. Resmî kaynağı aç.
11. GİB, Ücret Geliri Elde Edenler İçin Vergi Rehberi, 2026; Ar-Ge ve teknoloji geliştirme bölgelerinde ücretlerin vergilendirilmesine ilişkin açıklamalar. Resmî kaynağı aç.

Bu yazı genel bilgilendirme amacıyla hazırlanmıştır; belirli bir mükellef için verilmiş özelge, uygunluk raporu veya kesin vergi görüşü değildir. Örnekler varsayımsaldır. Somut işlemin belgeleri, ilgili dönem mevzuatı ve gerektiğinde ülke/anlaşma hükümleri birlikte değerlendirilmelidir. Makaledeki iç kontrol önerileri, kanun ve tebliğlerdeki resmî belge yükümlülüklerinin yerine geçmez.